В процессе своей жизнедеятельности в клубеньке на корнях растения бактерии снабжают растение добытым из воздуха и почвы аммонием, а от растения получают углеводы, которые являются для бактерий источником энергии (АТФ). Когда растение-симбионт отмирает или сбрасывает листву, его насыщенные аммонием органические ткани попадают в верхние слои почвы и, перегнивая, насыщают это почву азотистыми соединениями в органических молекулах.
