Главная причина была в желании Петра I устранить Алексея от наследования престола. Возможно, Алексей действительно не разделял взглядов отца и реформатор боялся, что после его смерти сын свернёт его начинания. А возможно императору просто хотелось сделать наследником сына от любимой жены (в истории часто бывало, что после второго брака правитель лишал прав наследовать престол сыновей от первого).
