Деепричастнвй оборот.все эти звуки сливаются в оглушительную музыку трудового дня и мятежно колыхаясь стоят низко в небе над гаванью.

Мятежно колыхаясь (Деепр. оборот)находится в середине предложения. двух сторон обособляется запятой

Все эти звуки сливаются в оглушительную музыку трудового дня и, мятежно колыхаясь, стоят низко в небе над гаванью.