Ударение падает на служебную часть или же отдельное слово? поставьте ударение. что бы ни было, они никогда не расставались. чьи бы они ни были, их надо вернуть. как бы то ни было, нужно узнать.

Что´ бы ни´ было, они никогда´ не расстава´лись. 
Чьи´ бы они ни´ были, их на´до верну´ть.
Как´ бы то ни´ было, ну´жно узна´ть.  

НИ – отрицательная частица, служебная часть речи,
в остальных случаях ударение падает на самостоятельные части речи