Почему ставится запятая которая в скобках. объясните подробно. в свежем воздухе чувствовалась примесь какого-то странного запаха, и я не могу понять чем пахнет.

Потому что в предложение есть 3 простых предложения.

1 простое предложение- до слова запаха.
2 простое предложение- до слова понять.
3 простое предложение- до слова пахнет.