Ни кондукторшу, ни пассажиров не поразила самая суть дела - не то, что кот лезет в трамвай, в чём было бы ещё полбеды, а то, что он собирается платить! ». почему в этом предложении допустима постановка тире?

Возможно, потому, что между предложениями, если второе содержит вывод из первого или результат и не соединяется союзом.