Почему в слове заключение пишется буква е на конце

Может "в заключение"? Просто иначе проблемы не вижу. В общем, если так, то дело обстоит вот так.

Если речь идет об окончании чего-либо, то пишется "в заключениЕ".
Например: "В заключениЕ своего ответа, скажу, что..."

Если же речь идет о каком-то плене, о заключении в тюрьме, то ишется "в заключениИ".
Например: "Сидеть в заключениИ"