Почему некоторые имена существительные пишутся с прописной буквы в баснях? ?

Потому что они обозначают не существо, а общий образ существа определяющий все существа принадлежащие к этому имени. Это имя собственное существа, а оно пишется с большой буквы.
Однажды Лебедь, Рак да Щука
Везти с поклажей воз взялись
И вместе трое все в него впряглись;
Из кожи лезут вон, а возу все нет ходу!
Поклажа бы для них казалась и легка:
Да Лебедь рвется в облака,
Рак пятится назад, а Щука тянет в воду.
Кто виноват из них, кто прав - судить не нам;
Да только воз и ныне там.
И. А. Крылов фрагмент басни Лебедь, Рак и Щука.
В этом отрывке мы видим что Лебедь это не имя обозначение птицы, а собирательный образ с одноименным определением.