Морфемный и словообразовательный разбор слова шею

Шею, или ше[й'у]/ше[j'у] — существительное.

Ше[й']-/ше[j']- — корень, -[у] — окончание, ше[й']-/ше[j']- — основа.

Шею — существительное.

Шею ← Х, т.е. шею является вершиной словообразовательного гнезда с производящей основой ше[й']-/ше[j']-.