Почему количество гласных звуков, существующих в языке, и букв в алфавите, обозначающих гласные звуки, не совпадает?

Потому что существуют в русском языке йотированные гласные буквы - Е,Ё,Ю,Я. В одном случае они обозначают гласный звук +Й, в другом случае мягкость предыдущего согласного + гласный звук.

Некоторые гласные дают 2 звука