Разобрать по членам предложения: сын хаджи-мурата, восемнадцатилетний юсуф, был в темницу, т.е. в более глубокую сажени яму.

Сын - подлежащее 

хаджи-мурата - дополнение

восемнадцатилетний юсуф - приложение, значит подлежащее

был заточен - подлежащее 

в темницу - обстоятельство 

в более глубокую сажени яму - обстоятельство