Является ли предложение "двое шли трое суток, а лосята трое часов" сложным предложением?

Да является тут 2 грамматические основы

Да, является.
Двое ребят - подлежащее, шли - сказуемое. Это первая грамматическая основа. 
Лосята - подлежащее, сказуемое пропущено, это прием в русском языке, дабы избежать повторов. Это вторая грамматическая основа.