Мы не могли сказать ему всю правду ,потому что это непременно повлияло бы на самочуствие . где в этом предложение надо ставить запятую.

Здесь одна запятая там где стоит.

Мы не могли сказать ему всю правду, потому что это, непременно, повлияло бы на самочувствие.