Почему в фонетическом разборе слова два раза пишут парная или непарная?

Парная по звонкости- глухости, и непарная( парная) по мягкости - твердости

Потому, что согласные бывают звонкие- глухие парные Б-П и т.д.
и могут быть твердые - мягкие парные и непарные 
всегда твердые Ж и Ш-они непарные
Всегда мягкие Й, Ч, Щ    и всегда твердая Ц  они непарные
Удачи!