Окончание не входит в основу слова, потому

Потому что в основу входит неизменяемая часть слова, а окончание может меняться даже при одной и той же основе. 

Окончание – изменяемая часть слова, которая служит для 
образования разных форм одного и того же слова, а также для 
связи слов в словосочетании и предложнии.
Потому что основа одна, а окончание меняется в зависимости от числа и падежа.
Смотри, слово зелёный- зелёнАЯ, зелёнЫЕ.
Окончание изменяется.