Да, запятая нужна
– Ну а если серьёзно, то я долго думал и понял, что мы сделали правильный выбор.
Обособление не нужно.
Объяснение: в данном предложении "ну" является частицей, усиливающей высказывание, и не обособляется.
Обособляется междометие "ну", побуждающее к действию: Ну, трогай!
Да, запятая нужна
– Ну а если серьёзно, то я долго думал и понял, что мы сделали правильный выбор.
Обособление не нужно.
Объяснение: в данном предложении "ну" является частицей, усиливающей высказывание, и не обособляется.
Обособляется междометие "ну", побуждающее к действию: Ну, трогай!