Как происхождение слова вратарь может обьяснить его написание?

Вратарь - слово с более современным "профессиональным" суффиксом -арь-, как "бондарь", "слесарь". Обозначает профессию человека. То есть, "вратарь" - это профессия, специальность спортсмена.

Слово произошло от слова ворота или по другому врата. В слове врата буква а и в слове вратарь тоже.