Зачем нужны указанные запятые в этих предложениях: в четном строю,то выныривая,то пропадая(1), они промелькнули по левому борту , и мне показалось , что они бегут (2),будто от чего-то. понятно ,(3)какой запах примешивался к свежести океана.

(1) - "пропадая" это деепричастие, оно отделяется запятой
(2) - стоит запятая, так как здесь идёт сравнение
(3) - не могу ясно объяснить но, часть предложения после слова "понятно" является пояснением.