Они походили на шёпот птенцов которые пробудились в гнезде. ставиться запитая? (если ставиться то почему? )

Да, ставится:

Они походили на шепот птенцов, которые пробудились в гнезде.

СПП, подчинительный союз "которые" соединяет 2 части предложения.

1)грамматическая основа: Они(подлежащее) похожили(сказуемое)

2) грамматическая основа: Пробудились (неопределенно-личное).