Почему прекратить пишится через е
​

Потому-что ударение падает на суффикс ить а не на приставку

Объяснение:

Следует запомнить, что словарное слово "прекратить" пишется с буквами "е" и "а". В словах-образах буква, которая является сомнительной в словарном слове "прекратить", находится под ударением.