Являются ли архаизмами слова: марать, шкипер, коего?

Да они являются

Объяснение:

Марать - пачкать .

Шкипер - командир.

Коего -  которого.

Т.к архаизмы имеют синонимы в русском языке, то можно сделать вывод что все 3 слова являются архаизмами.