Ждёт братика-винительный падеж. Но ведь тут можно задать во и от родительного падежа:ждёт кого? братика. Почему?

Чтобы правильно определить падеж слова (кого?) братика, замени его  в пердложении предметом. У неодушевленных предметов вопросы родительного и винительного падежа различаются.

Жду (что?) посылку. Кого?, что? - вопросы винительного падежа.