На территориях, прилегающих к Лене, находятся государственные природные заповедники «Байкало-Ленский» , «Олекминский» , «Усть-Ленский» , а также Национальный природный парк «Ленские Столбы» и ряд заказников и ресурсных резерватов. На этих охраняемых территориях растут и обитают редкие виды растений, животных, птиц и рыб, занесенные в Красную книгу Якутии, России и мира. Учеными установлено, что близ реки Лены произрастает более половины краснокнижных растений Якутии. Велико здесь количество эндемиков, причем каждый второй узкоэндемичный вид Якутии найден непосредственно в долине Лены или её дельте. Например, такие растения, как редовския двоякоперистая, терескен Ленский, одуванчик Ленский, мятлик Траутфеттера, остролодочник Караваева, мак стройный нигде в мире, кроме долины Лены, не встречаются. Также в Приленье обитает около 70 % редких птиц Якутии. Из них черный журавль находится под непосредственной угрозой исчезновения. Из категории уязвимых отмечаются черная казарка, клоктун и сапсан.
