Имеет ли учитель (социальный педагог) право разговаривать с учеником 1 на 1, без присутствия классного руководителя, без родителя, в закрытом кабинете?

Конечно, имеет.
С одной стороны, это и есть работа педагога, в зависимости от темы разговора.

Да,но в открытом кабинете