Чи наставатиме кримінальна відповідальність за наявності обставин, що виключають злочинність діяння

Так буде. Простий приклад: я провалився до сусідів через стелю, і на мене повісили проникнення на приватну власність зі зломом. При цьому я ніяких злочинів не скоював, просто робив ремонт.