Ну 1)какие файлы уничтожаются при использовании утилиты очистки дисков?

Ну если ты исполизовала такую утилиту как Ccleaner то он удаляет неробочие ярлыки папки и фаилы оставшиеся от удоленых программ и многое другое.
У меня есть еще одно предположение ты могла удалить все фаилы т.е. отформатировать диск