Родился 12 декабря 1928 года в селе Шекер, ныне Таласской области Киргизии. Его отец Торекул Айтматов был вначале крестьянским активистом, затем советским и партийным работником, видным государственным деятелемКиргизской ССР, но в 1937 году был арестован, а в 1938 расстрелян. Мать, Нагима Хамзиевна Абдувалиева, татаркапо национальности, была армейским политработником, впоследствии общественным деятелем. Чингиз, его братья и сёстры выросли в Шекере, куда прибыли незадолго до ареста отца по его настоянию.
