Как можно объяснить тот факт что в природе существует 89 элементов а простых веществ насчитывается около 600 примеры

Отчасти, думаю, это можно объяснить наличием изотопов большинства элементов, хотя в данном случае - это скорее аллотропия. Явление, когда один и тот же самый элемент имеет не одинаковое строение атомов и отсюда разные свойства. Простой пример - углерод. Может быть как алмазом, так и графитом, графеном, карбином и тд. Фосфор имеет 11 аллотропных модификаций. Также пример может быть озон и кислород.