Можно ли измерить температуру одной малекулы

Померить - нет, посчитать - да.
Е=mkT, зная скорость(энергию) молекулы можно посчитать температуру, которую она может обеспечить.
Температура - средняя энергия молекул выраженная не в джоулях, а в градусах.