Шоқан 1835 жылдың қараша айында Құсмұрын бекетінде қазіргі Қостанай облысы Әулиекөл ауданындағы Құсмұрын жерінде атақты аға сұлтан Шыңғыс Уәлиханов отбасында дүниеге келген. Әкесі Шыңғыс Уәлиханұлы сол кезде Аманқарағай дуанының (орталығы Қараоба мекені) аға сұлтаны болған. Округ орталығы 1844 жылы Құсмұрын қамалына ауысқаннан кейін дуан аты Құсмұрын болып өзгертілді. Шоқанның өз атасы Уәли Орта жүздің ханы болған. Арғы атасы Қазақ Ордасының Ұлы ханы Абылай, Шоқан оның шөбересі. Шоқанның балалық шағы қыс кезінде Обаған бойындағы Күнтимес ордасында, жазда Есілдің оң саласы Аққанбұрлық алабындағы ата жайлауда өткен. Әжесі Айғаным тұратын Сырымбеттегі хан ордасында да балдәурен күндерін өткізген
