Опыт государственного управления Филипп стал приобретать в возрасте шестнадцати лет, когда в 1543 г. Карл V, уезжая из Испании, оставил его в качестве регента. Император дал своему сыну инструкции, которые тот неукоснительно выполнял не только во время регентства, но и в период всего своего долгого царствования. Инструкции рекомендовали служить богу, поддерживать инквизицию, подавлять ереси, осуществлять правосудие и сохранять равновесие между советниками. Карл V также убеждал Филиппа уделять особое внимание финансам, от которых, как он писал, зависит провал или успех любой политики. Согласно инструкциям, Филипп никогда и ни на шаг не должен был отступать с территории, которой он владеет по наследству, данному богом. Эта политика особенно упорно проводилась в Нидерландах, которые Филипп, как и его отец, рассматривал в качестве своего наследственного владения. Именно здесь прослеживалась преемственность в политике от Карла V до Филиппа II, хотя последний вел себя в ряде ситуаций иначе. Собственное завещание своему сыну Филипп II в 1598 г. составил примерно в том же духе, что и инструкции Карла V. Отсюда следует, что Филипп уже с первых лет своего правления в качестве регента, а затем короля мыслил понятиями династическими и конфессиональными. Филипп II, продолжатель политики Карла V, вполне серьезно рассматривался испанской аристократией как претендент на императорскую корону осенью 1562 г., когда состояние здоровья Фердинанда I стало внушать серьезные опасения
