Русская православная церковь сыграла отрицательную роль в преодолении смуты, внося раскол в общество ,призывая свободных крестьян свергнуть царя. В последние годы смуты, церковь активно польским интервентам, а также попыталась вознести на престол своего кандидата, но, после нескольких политических поражений, в числе которых казнь метрополита церкви, царю удалось вернуть влияние на крестьян, являвшихся в то время одной из самых весомых политических сил. После чего последовали массовые казни смутьянов-священиков, в основном через утопление, что было ошибкой, так как среди малообразованного населения, христианство почиталось, быть христианином считалось правильным, в результате чего церковь снова стала причиной массовых восстаний на дальнем востоке страны.В целом православная церковь всю свою историю являлась помехой духовно-интелектуальному развитию народных масс, поддерживая протеворичивые начинания , например, одновременно поддержка крепостного права, например, Святой Игнатий Брянчанинов за два года до отмены крепостного права в России считал своим пастырским долгом апологию рабства " рабство как крепостная зависимость крестьян от помещиков , вполне законно и, как богоучереждёное , должно быть всегда , хотя в различных формах ". С другой стороны церковь активно боролась с попытками молодого русского государства отстоять свою независимость , агитируя народ сражаться на стороне смутьянов и инородныхз ахватчиков.
