Небольшие каменные орудия (микролит) , относящиеся к позднему палеолиту, обнаружены в пещерах Сел-Ункюр, Учкун Ошского региона, возле источника Кожо-Гёр в Исфаринской долине. Следы поселенцев эпохи среднего каменного века — мезолита найдены в долине Арпа возле Центрального Тенир-Тоо и у истоков реки Сох недалеко от Айдаркена (в пещерах Апшыра) . Люди этой эпохи пользовались луком, орудия труда изготовляли из кости и дерев. Занимались охотой и собирательством, постоянно меняли места обитания. Пещеры для них перестали быть постоянным местом жительства. Мелкие родо-племенные структуры укрупнялись путём слияния друг с другом. Научному кругу стало известно о памятниках эпохи нового каменного века — неолита, находящихся на территории Кыргызстана. Обнаружены сохранившиеся древнейшие наскальные рисунки в пещерах Ак-Ункюр в р-не Сары-Жаза нынешней Ысык-Кёлской области. На этих рисунках изображены силуэты человека, быка, козы, змеи, как символ вечности изображено солнце. В пещере Теке-Секирик восточнее от города Нарына, на берегу реки Аламюдюн в Чуйской долине, недалеко от Чолпон-Аты обнаружены и исследованы памятники, принадлежащие к эпохе неолита.
