Генрих I относится к числу наименее известных королей в истории средневековой Франции — как из-за отсутствия современных ему биографов, так и из-за продолжавшегося и даже углублявшегося в течение его правления упадка королевской власти, проигрывавшей борьбу с крупной и средней феодальной знатью. Эта борьба стала основным делом короля Генриха, что отражает полученное им ещё при жизни и давно не употребляющееся латинское прозвище Municeps («Покоритель»). Хронист связывает возникновение этого прозвища с постоянными осадами замков, которыми король был занят всю свою жизнь.
Убийство братьев Гизов всколыхнуло умы многих католиков. Среди них был и 22-летний монах-доминиканец Жак Клеман. Жак был ярым католиком и врагом гугенотов. После проклятия Папы (которое на него особенно подействовало) Клеман принял твёрдое решение убить короля Генриха III. Его замысел получил одобрение некоторых руководителей Лиги. Монаха снабдили частично подлинными, частично фальшивыми письмами от заключенных роялистов, адресованными королю. А затем, 31 июля, он покинул Париж и отправился в Сен-Клу — имение герцога Реца, где король обосновался на время осады столицы. Попросив аудиенцию, он был принят королём на следующий день. Жак передал ему бумаги, сообщив, что в них содержатся важные сведения, предназначенные исключительно для прочтения лично королём. При этих словах охрана отступила от Генриха на несколько шагов… Король углубился в чтение. Неожиданно Клеман выхватил из-за пазухи стилет, бросился к королю и вонзил стилет ему в подбрюшье. Всё произошло настолько внезапно, что гвардейцы не успели даже понять, в чём дело. Генрих зашатался и вдруг начал оседать с криком: «Он убил меня, подлый монах! Убейте его!». Король сумел вытащить стилет и даже нанести им растерявшемуся от содеянного Жаку удар в голову в район брови. Монах попытался выскочить из зала, но не смог. Здесь же, на месте, он был заколот королевскими телохранителями Сент-Малином и Пенкорнэ и выброшен в окно (позднее его тело четвертовали и сожгли)… Короля сразу же положили на кровать. Вызванные врачи вложили его вывалившиеся внутренности обратно и зашили. Вскоре наступило некоторое улучшение, и Генрих воспрянул духом. Но уже через несколько часов он почувствовал приближение смерти. В присутствии свидетелей он объявил Генриха Бурбона своим преемником. Ночью Генрих III попросился на последнюю исповедь. Король простил всех своих врагов, включая Жака Клемана. В три часа ночи король Франции Генрих III Валуа скончался. Его тело забальзамировали и похоронили в Компьене, в аббатстве Сен-Корнилль. Урна с сердцем короля была захоронена в главном алтаре собора Сен-Клод. После окончания войны Генрих III так и остался в Компьене. Новый король Генрих IV не стал переносить тело своего предшественника в усыпальницу французских королей — базилику Сен-Дени, поскольку ему напророчили, что он там сам ляжет через неделю после Генриха III. Лишь в 1610 году останки Генриха III всё-таки перенесли в Сен-Дени. А через несколько недель Генрих IV погиб от руки другого убийцы — Франсуа Равальяка.
