Можно ли называть государственный строй россии 17 века самодержавным?

Конечно можно. 
власть монарха не была ограничена ничем (Боярская Дума иссключительно совещательный орган) . 
но я имею в виду правление царей Михаила Романова, Алексея Романова, Федора Романова, Петра и его брата Ивана.

Конечно, Основной правитель России в 17м веке - Алексей Михайлович Романов, затем, его сын, его дочь Софья, и, наконец, Петр 1.
Все эти правители - полностью и без исключения самодержавные монархи