Объясните почему для включаемых в состав российской империи польских земель предусматривалось особое .

Может, Польша была католической, Литва  была православной до того как Польша её не подчинила. Папа Римиский мог направить войска для отчищения от ереси(православие). Ну и конечно же мог быть бунт.