Если например у меня два диска и я устанавливаю вирус на один диск он затронит второй?

Зависит от реализации заразы и состояния браузера/системы. Может, вообще ничего не пролезет.

2. Смотря что за вирусы и что вы с ними делаете.

3. Зависит от реализации трояна. Они разные бывают.

4. Не рекомендуется при любом раскладе. Ибо мало ли что.