Может ли сечение прямоугольного параллепипеда плоскостью, перпендикулярной к основаниям, не являться прямоугольноком ?

Ну, только если плоскость сечения проходит через боковое ребро и не содержит целиком боковую грань.  Тогда в сечении будет отрезок. В остальных случаях, да - прямоугольник.