Выделительная система представлена парными лентовидными почками, расположенными вдоль нижней части позвоночника. В них кровь освобождается от вредных конечных продуктов обмена веществ, которые потом через мочевой пузырь и мочеточник выводятся наружу. Почки также регулируют содержание солей в организме рыбы. Поэтому среди рыб имеются виды, которые могут обитать как в пресных водоемах, так и в соленых. Например, различные виды осетрообразных или лососеобразных рыб обитают в морях, но для размножения мигрируют в реки. В устье рек могут заплывать и некоторые виды акул.
Осмотическое давление крови рыб может быть как ниже (у морских рыб), так и выше (у пресноводных)