Особенности режима Нигера связаны с тем, что верхнее и нижнее его течения находятся в областях, богатых осадками, а бассейн среднего течения характеризуется большой сухостью и сильным испарением.
Нигер питается водами летних муссонных дождей. В верхнем течении паводок начинается в июне и у Бамако достигает максимума в сентябре — октябре. В нижнем течении подъём воды начинается в июне от местных дождей, в сентябре он достигает максимума. Среднегодовой расход воды Нигера в устье 8630 м³/с, годовой сток 378 км³, расходы во время паводков могут достигать 30-35 тыс. м³/с.
