Режим Енисея сложен. Питание реки осуществляется в основном за счет снега, дождей и частично - грунтовых вод. Годовой уровень характеризуется сравнительно высоким и продолжительным весенним паводком (апрель-июнь) , в период лета и осени уровни реки низкие.
