Питание реки в основном составляют талые снеговые и ледниковые воды, по этому максимальные расходы наблюдаются летом , а наименьшие- в январе-феврале протекая по равнине от атамурата до нукуса, амударья теряет большую часть своего стока на испарение, инфильтрацию и орошение .
