Река течёт на северо-восток, пересекает границу с Мали. В верхнем и нижнем течении Нигер порожист, протекает в основном в узкой долине. В среднем течении Нигер имеет характер равнинной реки. От гвинейского городаКуруса до малийской столицы Бамако, а также ниже города Сегу Нигер течёт по широкой долине и судоходен. Ниже малийского города Ке-Масина Нигер разделяется на насколько рукавов, формируя внутреннюю дельту. В районе внутренней дельты долина Нигера сильно заболочена. Ранее в этом месте Нигер впадал в бессточное озеро. В районеТимбукту многочисленные рукава соединяются в одно русло. Затем река течёт на восток вдоль южной границы Сахары на протяжении 300 км. Вблизи городка БуремНигер поворачивает на юго-восток и до самого устья течёт в широкой долине, судоходна. Река течёт по территории Нигера, где расположены многочисленные сухие русла рек (вади), впадавших некогда в Нигер, по границе Бенина, затем протекает через Нигерию и впадает в Гвинейский залив, формируя обширную дельту площадью 24 тыс. км².
