Сброс сточных вод — главная причина загрязнения воды вокруг городов. Из-за отсутствия очистных сооружений, сточные воды сбрасываются в реку напрямую, безо всякой очистки, что приводит к развитию таких тяжёлых заболеваний, как холера, сыпной тиф и дизентерия. Строительство двух больших плотин, регулирующих сток реки, оказало серьёзное воздействие как на дикую природу, так и на заселённые области в нижнем течении Замбези. Когда в 1973 году была сооружена плотина Кабора-Басса ГЭС, созданное ею водохранилище было наполнено всего лишь за один сезон дождей, вопреки рекомендациям наполнять его по крайней мере в течение двух лет. езкое сокращение стока привело к 40%-му уменьшению зоны распространения мангровых лесов, увеличению эрозии побережья и 60%-му сокращению вылова креветок в районе устья реки из-за сокращения выноса ила и минеральных элементов.
