Берёт начало от слияния рек Мараньян и Алмас, исток которых находится на восточных склонах гор Серра-Дорада, в центральной части Бразильского плоскогорья. До Амазонской низменности течёт по гористой местности, образуя многочисленные пороги, в том числе пороги Гуариба. После выхода на равнину становится судоходной (на 350 км от устья) Питание реки дождевое, в период высокой воды (с октября по март-апрель) вода поднимается на 7—9 м. Средний расход в устье — 16 300 м³/с. Реки Токантис-Арагуая часто относят к бассейну Амазонки, хотя формально они образуют отдельную речную систему площадью 770 тыс. км² (или более 800 тыс. км²).
Питание реки дождевое, в период высокой воды (с октября по март-апрель) вода поднимается на 7—9 м. Средний расход в устье — 16 300 м³/с. Реки Токантис-Арагуая часто относят к бассейну Амазонки, хотя формально они образуют отдельную речную систему площадью 770 тыс. км² (или более 800 тыс. км²).