Существуют ли принципиальные ограничения на возможность производить измерения, оказывая пренебрежимо малое влияние на природные процессы? , , нужно

Есть. очень часто это энергетические ограничения.
Если измеряем электрические величины, приходится хоть какую-то часть энергии тратить на приведение в движение измерительного механизма.
Если измеряем расход жидкости, крутим махонькую турбинку (см водосчетчик у тебя дома).
При измерении длины тела не очень понятно, влияет-ли прикладывание линейки на энергетический баланс.
Поэтому правильный ответ будет таким: в большинстве случаев внесение/подключение  измерительного прибора влияет на распределение энергии в исследуемой системе. Ограничение энергетических потерь сопряжено с ограничением точности измерения.