Ускорение и сила в этом уравнении - вектора. Уних есть одкь и направление. Модуль конечо же всегда положителен. Анапавление ускорения совпадает снаправлением силы. Говоря об отрицательном ускорении имеют в виду проекцию ускорения на ось совпадающую с векторм скорости. Кстати скорость - тоже вектор. Если такая проекция направлена в противоаположную от скорости сторону, такое ускорени и называют отрицательным и при нем уменьшается модуль скорости.
