Потому что работа в любой момент времени будет разная, так как и при зарядке и при разрядке конденсатора меняются величины заряда и напряжения. Чтобы не считать в каждый момент времени берут усреднённое значение, то есть А/2. От сюда и появляется двойка: W=CU^2/2=qU/2=q^2/2C
