Отличаются ли молекулы воды в горячем чае от молекул воды в холодном лимонаде.

Да, в горячей воде молекулы чая, будут растворяться быстрее, чем в холодном лимонаде.

Молекулы воды так и остаются молекулами воды. Они не вступают в реакцию ни с чаем, ни с составными частями, из которых на воде готовят лимонад.