Мутации отличаются от модификаций тем, что они

сохраняются у потомков при отсутствии вызвавшего их фактора
Мутации стойкие, передаются по наследству и после действия мутагенного фактора

Мутации передаются по наследству, модификации не затрагивают генотип, и при других условиях среды не проявляются.